Die Stadt Manfredonia befindet sich in der Provinz Foggia, die zur Region Apulien (Puglia) gehört. Die Gemeinde besitzt 57353 Einwohner und hat eine Fläche von 352,03 Quadratkilometer bei einer Bevölkerungsdichte von 162,92 Einwohner pro Quadratkilometer. Manfredonia befindet sich 5 Meter über dem Meeresspiegel an der italienischen Adriaküste.
Die Ortsteile der Gemeinde sind:

Feudo della Paglia
Ippocampo
La Bussola
Masseria Barretta
Mezzanone
Ruggiano
Scalo dei Saraceni
Sciali degli Zingari
Sciali di Lauro
Tomaiuolo