Das Dorf San Paolo di Civitate befindet sich in der Provinz Foggia, die zur Region Apulien (Puglia) gehört. Die Gemeinde besitzt 6082 Einwohner und hat eine Fläche von 90,70 Quadratkilometer bei einer Bevölkerungsdichte von 67,06 Einwohner pro Quadratkilometer. San Paolo di Civitate befindet sich 188 Meter über dem Meeresspiegel.
Die Ortsteile der Gemeinde sind:

Difensola