Das Dorf San Giovanni al Natisone befindet sich in der Provinz Udine, die zur Region Friaul-Julisch-Venetien (Friuli-Venezia-Giulia) gehört. Die Gemeinde besitzt 5831 Einwohner und hat eine Fläche von 23,93 Quadratkilometer bei einer Bevölkerungsdichte von 243,67 Einwohner pro Quadratkilometer. San Giovanni al Natisone befindet sich 66 Meter über dem Meeresspiegel.

Die Ortsteile der Gemeinde sind:

Dolegnano
Villanova dello Iudrio
Medeuzza