Das Dorf San Zeno Naviglio befindet sich in der Provinz Brescia, die zur Region Lombardei (Lombardia) gehört. Die Gemeinde besitzt 3485 Einwohner und hat eine Fläche von 6,18 Quadratkilometer bei einer Bevölkerungsdichte von 563,92 Einwohner pro Quadratkilometer. San Zeno Naviglio befindet sich 112 Meter über dem Meeresspiegel.

Die Ortsteile der Gemeinde sind:

Cascina Pontevica
Aspes
Caselle