Das Dorf Villanuova sul Clisi befindet sich in der Provinz Brescia, die zur Region Lombardei (Lombardia) gehört. Die Gemeinde besitzt 5042 Einwohner und hat eine Fläche von 9,12 Quadratkilometer bei einer Bevölkerungsdichte von 552,85 Einwohner pro Quadratkilometer. Villanuova sul Clisi befindet sich 212 Meter über dem Meeresspiegel.

Die Ortsteile der Gemeinde sind:

Berniga
Bondone
Canneto
Mezzane
Peracque
Ponte Pier