Das Dorf Penna San Giovanni befindet sich in der Provinz Macerata, die zur Region Marken (Marche) gehört. Die Gemeinde besitzt 1254 Einwohner und hat eine Fläche von 28,18 Quadratkilometer bei einer Bevölkerungsdichte von 44,50 Einwohner pro Quadratkilometer. Penna San Giovanni befindet sich 630 Meter über dem Meeresspiegel.

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Die Ortsteile der Gemeinde sind:

Caselunghe
Crocifisso
Guerci
Magli
Pilotti
Saletta
Saline