Das Dorf Sant'Agapito befindet sich in der Provinz Isernia, die zur Region Molise gehört. Die Gemeinde besitzt 1365 Einwohner und hat eine Fläche von 15,82 Quadratkilometer bei einer Bevölkerungsdichte von 86,28 Einwohner pro Quadratkilometer. Sant'Agapito befindet sich 556 Meter über dem Meeresspiegel.

Die Ortsteile der Gemeinde sind:

Colanonni
Coriemano
Pietradonata
Scalo Ferroviario
Temennotte